Międzynarodowy Kodeks Nomenklatury Bakterii

Międzynarodowy Kodeks Nomenklatury Bakterii (Kod bakteriologiczne) (ICNB, Międzynarodowy Kodeks Nomenklatury Bakterii , Kod bakteriologiczne ) reguluje tworzenie nazw naukowych prokariotów . Zasady nomenklatury są publikowane na stronie internetowej NCBI . ICNB jest częścią nomenklatury biologicznej . W dziedzinie mikrobiologii w 1980 r. Przyznano mu Kodeks Bakteriologiczny, nowy początek mający na celu zapewnienie, że nomenklatura zapewnia jednolitość bakterii zgodnie z międzynarodowymi zasadami.

Historia nazewnictwa bakterii

Do 1975 r. Do nazywania bakterii używano Międzynarodowego Kodeksu Nomenklatury Botanicznej (ICBN). Kod został zatwierdzony na czwartym Międzynarodowym Kongresie Mikrobiologii w 1947 roku, ale nie był szeroko stosowany. Na kolejnych międzynarodowych kongresach mikrobiologicznych w 1953 i 1962 roku zdecydowano o obszernych uzupełnieniach, ale były one publikowane tylko pojedynczo, nie przeprowadzono nowej edycji kodu bakteriologicznego . W 1968 r. Ostatecznie sformułowano pomysł, aby najpierw utworzyć listę uznanych nazw bakterii, a następnie, w pewnym momencie, uznać wszystkie nazwy bakterii, które nie zostały tam wymienione, za nieważne. Wówczas należałoby przypisać nowe nazwy bakterii zgodnie z kodem. 1 stycznia 1980 został ustalony jako punkt wyjścia dla obecnie obowiązującego kodu. Stephen P. Lapage odegrał kluczową rolę w tworzeniu kodu według ustalonych reguł . W 1990 r. Wydano rewizję, która zawierała trzy ważne zmiany:

  • Nazwy, które nie znajdują się na liście zatwierdzonych nazw bakterii, tracą ważność. Jednak mogą zostać ponownie przyjęci jako nomen revictum (łac. „Nazwa wznowiona”), jeśli są zgodne z kodeksem (również ustanowionym jako reguła 28a). Dotyczy to np. Sporosarcina psychrophila , której nazwy rozpoznano dopiero w 1984 r., Choć używano jej już w 1967 r.
  • Nazwy bakterii należy opublikować w International Journal of Systematic Bacteriology (IJSB, w języku angielskim „International Journal for Systematic Bacteriology”). Jeżeli zostały opublikowane w innych czasopismach specjalistycznych zgodnie z kodem bakteriologicznym , nazwy te muszą być uznane w IJSB (również zdefiniowane jako zasada 27).
  • W publikacji należy określić typ (również w zasadach 16–22).

Kod jest obecnie monitorowany i publikowany przez International Committee on Systematics of Prokaryotes (ICSP, angielski dla „International Commission for the Systematics of Prokaryotes”). W przyszłości zostanie nazwany Międzynarodowy Kodeks Nomenklatury Prokariontów (po angielsku „Międzynarodowy Kod Nomenklatury Prokariontów”).

Struktura kodu bakteriologicznego

Rozdział pierwszy, Rozważania Ogólne , wskazuje na potrzebę międzynarodowych zasad nomenklatury. W rozdziale drugim Zasady („Podstawy” lub „Zasady”) wymienione są podstawy kodu bakteriologicznego , do których odnoszą się zasady i zalecenia. Trzeci rozdział, Reguły nomenklatury z zaleceniami, zawiera ponumerowane reguły, które sięgają nr 65, ale w niektórych przypadkach są dalej podzielone (np. Zasada 51a i 51b). Odpowiednie zalecenia mają tę samą liczbę. Rozdział czwarty, Advisory Notes, zawiera między innymi uwagi dla autorów. Praca zawiera również statuty (porównywalne ze statutem stowarzyszenia ) ICSB (obecnie ICSP) oraz Zakładu Bakteriologii i Mikrobiologii Stosowanej Międzynarodowego Związku Towarzystw Mikrobiologicznych , a także załącznik w dziesięciu częściach.

Zasady Kodeksu Bakteriologicznego

Zasady Kodeksu Bakteriologicznego obejmują na przykład, że należy osiągnąć stabilność w przypisywanych nazwach i że kod jest niezależny od Międzynarodowego Kodeksu Nomenklatury Botanicznej (ICBN) i Międzynarodowych Zasad Nomenklatury Zoologicznej (ICZN). W rezultacie nazwa taksonu może być używana jednocześnie dla bakterii i rośliny lub zwierzęcia. Jest to Gordonia → roślin rodzaju z rodziny o Tea Rodzina (Theaceae) i Gordonia → rodzaju bakterii z rodziny Nocardiaceae sprawy, podobnie jak w przypadku edwardsiella → gatunków zwierząt z rzędu z ukwiały (ukwiały) i edwardsiella → rodzaju bakterii z rodziny Hafniaceae .

Nazwy naukowe są łacińskimi lub z nich powstają słowa neo-łacińskie. Ich pochodzenie (porównaj etymologię ) to często język starożytnej Grecji lub łacina (również określona w regule 10a). Nazwa gatunku jest zgodna z binarną nomenklaturą sięgającą czasów Carla von Linné z nazwą rodzajową i nazwą gatunku ( epitetem ) (również określoną w regule 12a). Prawidłowa nazwa taksonu opiera się na ważnej publikacji, legalności taksonu i kolejności (pierwszeństwo) w publikacji (również określonej w zasadzie 23a - 23b). Zgodnie z tą zasadą pierwszeństwa nazwa bakterii, która została opublikowana jako pierwsza, jest ważna. Jeśli później okaże się, że inny takson jest identyczny z tym opisanym jako pierwszy, nazwa opublikowana później zostaje zmieniona (również określona w zasadach 38 i 42). Oto wybór innych ważnych zasad:

  • Zasady 5a - 5d dotyczą systematyki i taksonomii, rejestruje się rangi taksonomiczne: klasa , porządek, rodzina, rodzaj , gatunek i podgatunek . B. Może dawać podporządkowanie. Używanie rangi odmiany jest niedozwolone. Taksony poniżej rangi podgatunku nie są objęte kodem (zasady 5d i 14a). Jednak dodatek 10 ( Podgatunki infrasubspecyficzne oznacza coś w rodzaju „podziału poniżej podgatunków”) zawiera zalecenia, na przykład użycie terminów serowar , biowar lub fagowar.
  • Taksony między podklasą a rodzajem mają określone zakończenie słowa ( przyrostek ) zgodnie z ich rangą (reguła 9). Są pisane wielką literą (zasada 7). przykłady są
  • Nazwy rodzajowe są pisane wielkimi literami i traktowane jak rzeczownik łaciński ; słowo wywodzące się z innych języków jest latynizowane (reguła 10a), dzięki czemu nazwa rodzajowa ma rodzaj gramatyczny .
  • Reguła 65 stanowi, że ostatnia część wyrazu ma decydujące znaczenie dla rodzaju gramatycznego wyrazów złożonych. Dlatego z. B. rodzaj Jeotgalicoccus męski, ponieważ część słowa Coccus jest rodzaju męskiego. LPSN (patrz poniżej) jest pomocny przy wyszukiwaniu rodzaju gramatycznego.
  • Dozwolone jest również używanie nazwisk; nazwy rodzajowe są używane jako wyrazy łacińskie w formie żeńskiej (zalecenie 10a). W ten sposób często honorowani są naukowcy lub lekarze, którzy wnieśli wkład do mikrobiologii. W zależności od tego, na której literze kończy się imię osobiste, nazwy rodzajowe są tworzone za pomocą różnych przyrostków (dodatek 9):
  • Zastosowanie zdrobnienie jest również często spotykane (Załącznik 9), w Bordetella (po nazwie Jules Bordet ), Klebsiella (nazwany Edwin Klebs ), Pasteurella (imienia Ludwika Pasteura ) lub Salmonella (nazwany Daniel Elmer łososia ).
  • Nazwy gatunków są pisane małymi literami i muszą być zgodne z rodzajem gramatycznym nazwy rodzajowej jako przymiotnikiem , na przykład Sporosarcina antarctica , ponieważ Sporosarcina jest rodzaju żeńskiego i Micrococcus antarcticus , ponieważ Micrococcus jest męski. Jeśli jest to rzeczownik, który służy jako przystawka , jest używany w mianowniku , np. B. Bacillus acidicola , łacińskie słowo acidicola oznacza „mieszkaniec kwaśnego środowiska”. Albo rzeczownik jest używany w dopełniaczu . Robi się to głównie w celu opisania miejsca pochodzenia lub występowania, tak jak w przypadku Chlamydophila psittaci , łacińskie słowo psittaci oznacza „papuga” (Reguły 12a-12c).
  • Nazwy podgatunków to trójskładnikowa kombinacja nazw rodzajowych, nazw gatunków i nazw podgatunków. Nazwa podgatunku poprzedzona jest skrótem „subsp.”, Np. Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (zasady 13a-13d).
  • W przypadku nowo nazwanego taksonu lub zmiany statusu taksonu, w którym zmienia się również nazwa, po nazwie umieszcza się skróty (reguła 33a), które wskazują, jaka to kategoria aktu nomenklatury, np. Na przykład. nov. "dla gatunku nova (" nowe gatunki ")," gen. nov. ”dla rodzaju novum („ nowy rodzaj ”) lub„ grzebień ”. nov. ”dla combinatio nova („ nowa kombinacja ”). To ostatnie dotyczy na przykład sytuacji, gdy gatunek bakterii należy do innego rodzaju. W 1988 Bacillus acidoterrestris został po raz pierwszy opisany , ale w 1992 nowo utworzony rodzaj Alicyclobacillus gen. Nov. przypisany, a zatem jako grzebień Alicyclobacillus acidoterrestris . lis. wyznaczony. Reguły 33b - 34c odnoszą się odpowiednio do tego, jak postępować z nazwiskiem autora i rokiem pierwszego opisu. Używanie kapitalików w nazwach autorów nie jest uregulowane w Kodeksie bakteriologicznym.
  • Jeśli opis taksonu został później poprawiony przez jednego lub więcej autorów, po tych nazwach następuje skrót „emend” (łac. Emendavit oznaczający „ulepszony” lub „poprawiony”) z rokiem opisu (reguła 35), np. jeśli chodzi o Leptospira Noguchi w 1917 roku. Faine i Stallman 1982.
  • Jeśli gatunek jest podzielony na podgatunki, nazwa gatunku jest również używana jako nazwa podgatunku dla podgatunku zawierającego typ łodygi (zasady 40a - 40c i 46). Dotyczy to na przykład Staphylococcus aureus , w 1985 Staphylococcus aureus subsp. anaerobius został po raz pierwszy opisany jako podgatunek, w związku z czym bakteria wcześniej wymieniona jako gatunek została teraz automatycznie wymieniona jako podgatunek: Staphylococcus aureus subsp. aureus .
  • Zasady 51a-56b dotyczą postępowania z nielegalnymi nazwiskami.
  • Zasady 57a-65 opisują pisownię nazw bakterii, w wielu przypadkach należy skonsultować się z Komisją Sądową („ Komitetem decyzyjnym ”, patrz poniżej). Dodatek 9 zawiera również informacje o pisowni.
  • Znaki diakrytyczne - takie jak umlauty używane w języku niemieckim lub z. B. Akcent używany w języku francuskim - nie występuje w nazwach bakterii, ale jest ograniczony (Reguła 64). Dotyczy to na przykład rodzaju Prevotella , który został nazwany na cześć francuskiego mikrobiologa André-Romaina Prévota . Innym przykładem jest rodzaj Truepera , którego nazwę wybrano na cześć niemieckiego mikrobiologa Hansa G. Trüpera .

Zatwierdzone listy nazw bakterii

Ściśle powiązana z kodem bakteriologicznym jest lista uznanych nazw bakterii. W 1968 roku, na posiedzeniu Komisji Sądowej Międzynarodowego Komitetu ds Systematic Bacteriology (Angielski dla „podejmowania decyzji Komitetu Międzynarodowej Komisji ds Systematic Bacteriology”, komisja ta została zmieniona ICSP ) omówiono, w jaki sposób kod bakteriologiczne może zostać zmieniona w celu włączenia wyczyszczoną listę, aby spróbować od nowa. W tym czasie w literaturze opublikowano około 30 000 nazw, ale wielu z nich nie można było jednoznacznie przypisać do konkretnego gatunku bakterii. Uzgodniono, że od 1 stycznia 1976 r. Nazwy bakterii muszą być publikowane w International Journal of Systematic Bacteriology (IJSB). IJSB jest prekursorem International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM, ang. „International Journal for Systematic and Evolutionary Microbiology”), w którym opisano niedawno odkryte taksony bakteryjne. Do 1980 roku zebrano taksony opublikowane w IJSB i uzupełniono tę listę o wyraźnie określone, starsze nazwy, które często odnosiły się do bakterii chorobotwórczych . Victor BD Skerman i Peter HA Sneath , którzy są również współredaktorami, odegrali kluczową rolę w koncepcji tej listy .

Na podstawie tego kodu publikowane są zatwierdzone listy nazw bakterii, pierwsze wydanie pochodzi z 1980 r. Pierwsze wydanie zawiera około 2300 nazw bakterii. Druga edycja została opublikowana w 1989 roku i jest dostępna w Internecie. Nazwy bakterii, które zostały zmienione lub nowo dodane od 1989 r. I które odpowiadają kodowi bakteriologicznemu, są publikowane w IJSEM w regularnych odstępach czasu. Odpowiednie podsumowanie nosi nazwę Lista walidacyjna nr ... (w języku angielskim „ Lista zatwierdzeń nr ...” lub „ Lista potwierdzeń nr ...”) i jest również dostępne w Internecie. Celem tych list jest podsumowanie nazw bakterii obowiązujących zgodnie z kodem, o ile nie ma całkowicie zrewidowanych zatwierdzonych list nazw bakterii . Od kwietnia 2014 roku aktualną edycją jest Lista walidacyjna nr 156 .

Inne wykazy oparte na kodzie bakteriologicznym

Prokariontów Nomenklatura Up-to-date (angielskie dla „prokariotycznych nomenklatury na bieżąco”) mogą być przeglądane w Niemieckiej Kolekcji Mikroorganizmów i Hodowli Komórkowych (DSMZ). Innym wiarygodnym źródłem jest Lista nazw prokariotycznych ze stanem w nomenklaturze (w języku angielskim „Lista nazw prokariotycznych odpowiadających nomenklaturze”, w skrócie LPSN), publikowana od 1997 r. Przez Jeana P. Euzéby'ego . Zawiera również przegląd nazw bakterii, które nie zostały jeszcze ważnie opublikowane i często mają status Candidatus . Aidan C. Parte kontynuuje tę bazę danych od lipca 2013 r .

Indywidualne dowody

  1. ↑ RE Buchanan, R. St. John-Brooks, RS Breed (red.): Międzynarodowy Bacteriological Code of Nomenclature. W: Journal of bakteriology. Tom 55, nr 3, marzec 1948, ss. 287-306, ISSN  0021-9193 . PMID 16561459 . PMC 518444 (pełny tekst pełny).
  2. ↑ a b c d e f SP Lapage, PHA Sneath, EF Lessel, VBD Skerman, HPR Seeliger, WA Clark (red.): International Code of Nomenclature of Bacteria - Bacteriological Code, 1990 Revision . ASM Press, Washington (DC), USA 1992, ISBN 1-55581-039-X ( NCBI Bookshelf ).
  3. ↑ a b Sneath PHA: Przygotowanie zatwierdzonych list nazw bakterii. W: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Tom 55, nr 6, listopad 2005, s. 2247-2249, ISSN  1466-5026 . doi: 10.1099 / ijs.0.64137-0 .
  4. ^ Jean P. Euzéby, Aidan C. Parte: Wszystkie nazwiska cytowane na Liście nazw prokariotycznych o statusie w nomenklaturze - wprowadzenie (nazwiska można znaleźć za pomocą funkcji wyszukiwania lub list alfabetycznych). W: Lista nazw prokariotycznych ze stojącymi w nomenklaturze ( LPSN ). Źródło 16 kwietnia 2014 r .
  5. ^ Jean P. Euzéby, Aidan C. Parte: Rodzaje nazw rodzajowych (rodzaj gramatyczny nazw rodzajowych). W: Lista nazw prokariotycznych ze stojącymi w nomenklaturze (LPSN) . Źródło 16 kwietnia 2014 r .
  6. ↑ Zatwierdzone listy nazw bakterii . W: VBD Skerman, Vicki McGowan, PHA Sneath (red.): International Journal of Systematic Bacteriology . taśma  30 , nie. 1 , 1980, s. 225-420 , doi : 10.1099 / 00207713-30-1-225 ( sgmjournals.org [PDF; 17,0 MB ; dostęp 13 kwietnia 2014]). Zatwierdzone Listy bakteryjnych Names ( pamiątka z oryginałem z dnia 22 stycznia 2013 roku w Internet Archive ) Info: archiwum Link został wstawiony automatycznie i nie została jeszcze sprawdzona. Sprawdź oryginalny i archiwalny link zgodnie z instrukcjami, a następnie usuń to powiadomienie.  @ 1@ 2Szablon: Webachiv / IABot / ijs.sgmjournals.org
  7. ↑ VBD Skerman, Vicki McGowan, PHA Sneath (red.): Zatwierdzone listy nazw bakterii (poprawione) . Wydanie 2. ASM Press, Waszyngton (DC), USA 1989, ISBN 978-1-55581-014-6 ( NCBI Bookshelf ).
  8. ^ A. Oren, GM Garrity: Lista nowych nazw i nowych kombinacji, które zostały wcześniej skutecznie, ale nie ważnie, opublikowane. W: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Tom 64, nr 3, marzec 2014, ss. 693-696, ISSN  1466-5026 . doi: 10.1099 / ijs.0.062521-0 .
  9. ↑ JP Euzéby: Lista nazw bakterii występujących w nomenklaturze: folder dostępny w Internecie. W: International Journal of Systematic Bacteriology. Tom 47, nr 2, kwiecień 1997, str. 590-592, ISSN  0020-7713 . doi: 10.1099 / 00207713-47-2-590 .
  10. ^ Jean P. Euzéby, Aidan C. Parte: LPSN News. W: Lista nazw prokariotycznych ze stojącymi w nomenklaturze (LPSN) . Źródło 13 kwietnia 2014 r .

linki internetowe